哈尔滨工业大学软件学院分别与法国、德国、爱尔兰、日本的多所大学合作，建立了跨国联合培养班，共同培养“跨学科，双边对等招生，联合培养，融合文化”的“MSE+X”软件工程硕士研究生，为学生建立了国际化学习环境，实现学生跨国工业实习，并采用“三导师制”，使学生受到国内大学、国外大学、外企导师指导，保证学生培养、工业实习与学位论文能够满足国际化办学要求，实现了跨国联合培养，联合答辩，联合授予双方学位。
合作伙伴：
法国波尔多第一大学，德国柏林工业大学、爱尔兰都柏林工业大学、日本会津大学、法国克莱蒙费朗第一大学、日本东北大学。
培养模式：
第一学期：学生入学，在所在学校学习；第二学期：全部学生到中国哈工大学习；第三学期：国外来的学生回本国学习,中国学生赴选定（五选一）的合作学校学习；第四学期：工业实践并撰写学位论文,中国学生由选定的合作学校安排实习企业,学位论文答辩。
专业方向：
哈工大的专业方向为软件工程，各合作学校专业方向如下表所示：
| 联合培养班 | 专业方向 |
| 哈尔滨工业大学-- 法国波尔多第一大学 | 软件工程+生产系统及自动化 MSE+Production System and Automation |
| 哈尔滨工业大学-- 法国克莱蒙费朗第一大学 | 软件工程+（待定） MSE+（待定） |
| 哈尔滨工业大学-- 日本会津大学 | 软件工程+计算机网络系统 MSE+Computer Network System |
| 哈尔滨工业大学-- 日本东北大学 | 软件工程+（待定） MSE+（待定） |
| 哈尔滨工业大学-- 德国柏林工业大学 | 软件工程+全球化制造工程 MSE+Global Production Engineering |
| 哈尔滨工业大学-- 爱尔兰都柏林工业大学 | 软件工程+信息技术 MSE+Information Technology |
注：多国联合培养班在当年录取的软件工程硕士中招生，单双证学生均可报名，加试英语（笔试+面试）
跨国联合培养班学生国外学习期间须交一定的费用（波尔多第一大学为每生2700欧元，爱尔兰都柏林工业大学约为每生8000欧元，其他学校暂定不另收学费）。
“MSE+X”联合硕士班现已招生56名学生；
其中：中国学生45名，外国学生11名；
2006年：
中国学生12名，法国学生1名；全部13名学生均已毕业。
2007年：
中-法联合培养班：中国学生10名，法国学生4名；
全部学生现在法国学习；
中-日联合培养班：中国学生1名，现在日本学习。
2008年：
中-法联合培养班：中国学生10名，法国学生5名；
中-爱联合培养班：中国学生5名，爱尔兰学生1名；
中-德联合培养班：中国学生6名；
中-日联合培养班：中国学生1名；
全部28名学生即将分赴各国学习。